Ingénieur-e d'études en analyse de données multi-omiques

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique. Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle. L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs. L’IRSL est une unité mixte de recherche Inserm / Université Paris Cité située sur le campus de l’Hôpital Saint-Louis. Ses axes principaux sont l’onco-hématologie, l’immunologie et l’inflammation, la dermatologie et les maladies infectieuses. Le Poste Le poste est rattaché au projet « ACTA », financé par l’Institut national du cancer (INCa, programme PRT-K 2025) et coordonné par l’Institut Gustave Roussy. Ce projet multi-équipes étudie les mécanismes génétiques et épigénétiques de la transformation aiguë de la leucémie myélomonocytaire chronique (LMMC), à partir d’échantillons primaires de patients.

Description du poste
Mission principale L’ingénieur·e analyse les données multi-omiques en cellule unique (transcriptome et génome) générées par l’équipe dans le cadre du projet ACTA, et apporte un appui aux projets de programmation de l’équipe. Activités principales
• Contrôle qualité, prétraitement et analyse de données single-cell transcriptomiques et génomiques
• Étude de l’impact des aneuploïdies sur l’expression génique et l’hétérogénéité clonale
• Intégration, exploration et visualisation de données multi-omiques ; analyses d’enrichissement fonctionnel
• Développement, documentation et maintenance de scripts et de pipelines reproductibles (R, Python, Bash), y compris sur cluster de calcul
• Gestion et organisation des données selon les principes FAIR
• Assistance aux membres de l’équipe sur leurs projets de programmation
• Restitution des résultats à l’équipe et aux partenaires du consortium ; participation à la rédaction des rapports et des publications Spécificités du poste
• Travail en interaction avec les biologistes de l’équipe et les équipes partenaires du consortium

Profil Recherché
Connaissances
• Biologie moléculaire et cellulaire ; notions de génomique et d’hématologie appréciées
• Méthodes d’analyse de données de séquençage à haut débit (NGS) et de données en cellule unique
• Statistiques appliquées à la biologie ; notions d’apprentissage automatique
• Anglais scientifique (lu, écrit, parlé) Savoir-faire
• Programmation en R et Python ; scripts Bash ; utilisation d’un cluster de calcul (HPC)
• Outils d’analyse single-cell et d’expression différentielle (par exemple Seurat, scanpy, DESeq2, edgeR, Bioconductor)
• Outils d’analyse NGS (alignement, appel de variants, manipulation de fichiers de séquençage)
• Bonnes pratiques de développement : gestion de versions, documentation, reproductibilité Aptitudes
• Rigueur et sens de l’organisation
• Autonomie et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire
• Capacité à présenter des résultats à des non-spécialistes de l’analyse de données Expérience souhaitée
• Une première expérience (stage ou emploi) en analyse de données de séquençage est souhaitée. Une double compétence biologie / bio-informatique est appréciée Modalités de candidature
• Envoyer un CV et une lettre de motivation à : alessandro.donada@inserm.fr
• Date limite de candidature : 14/11/2026
• Pour en savoir plus sur l’Inserm : https://www.inserm.fr/ ; site RH : https://rh.inserm.fr/
• Politique handicap de l’Inserm et aménagements de poste : emploi.handicap@inserm.fr