Chargé-e de Recherche en Génomique Structurale

Il y a 2 mois

Montpellier, France INRAE Temps plein

34398 MONTPELLIER _

**RETOUR À LA LISTE DES POSTES DE LA CAMPAGNE**

**Présentation d'INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche.

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Au cœur du dispositif d’analyse fine du pangénome de la vigne, le/la chercheur.e interagira à la fois avec les collègues du Centre de rressources génétiques Vigne, les scientifiques impliqués dans l’étude des bases génétiques de caractères d’intérêt, les scientifiques impliqués dans la physiologie et la génomique fonctionnelle et la prédiction génomique, de DAAV et des autres équipes du groupe Vigne du Département BAP.

Mission:
Vous déveloperez un projet de recherche visant à l’identification des polymorphismes au niveau du génome entier pour définir le ‘Pangénome’ de Vitis vinifera i.e. identifier les gènes appartenant aux parties « Cloud & shell » du pangénome, enrichies pour des fonctions « bénéfiques » (défenses, développement, adaptation; Gordon et al, 2017), des gènes liés aux stress abiotiques et contrôlant la floraison (Tranchant-Dubreuil et al, 2019), ou participant à des voies métaboliques spécifiques (exemple / soja : biosynthèse des acides gras ; Liu et al, 2020) et leur diversité. Une attention particulière sera aussi apportée aux polymorphismes de type « Presence-Absence » (PAV) et « Copy Number Variation » (CNV) qui ont été une source importante de variation génétique au cours de la domestication (Lye & Purugganan, 2019, Zhou et al 2019) et aux éléments mobiles (transposons et rétroéléments) et leur impact sur l’adaptation et la résilience.

Activités:
Les travaux débuteront sur la base de données des séquences complètes (assemblage haplotypique) de génomes disponibles dans l’équipe (Cabernet Franc, Chenin, Madeleine Noire des Charentes, Merlot, Pinot) et des données disponibles dans les bases de données internationales. Nous envisagerons ensuite le séquençage profond Pacbio des core-collections de Vitis vinifera (panel 279, core C4) choisies pour présenter un fort gradient environnemental ou sur lesquelles des données phénotypiques précises seront disponibles soit dans le cadre du CRB Vigne soit de projets de recherche en cours (G2WAS) ou à venir (implantation du panel 279 sur le domaine expérimental de Pech Rouge).

L’étude de la diversité génétique à cette échelle fine, permettra également d’identifier des cibles potentielles pour validation fonctionnelle par édition et éclairera les programmes de création variétale et les outils de prédiction génomique en prenant mieux en compte, en plus de la diversité SNP, les autres types de variation du génome : PAV, CNV, éléments transposables. En collaboration avec d’autres équipes d’AGAP et du groupe vigne, l’étude des marqueurs épigénétique pourra également être réalisée (petits ARNs, méthylation,).

**Permis de conduire recommandé**

***

**Formations et compétences recherchées**:
**Doctorat**

Doctorat en génomique structurale, avec des compétences en génomique et génétique des populations et des compétences solides en bio-informatique.

De bonnes connaissances en statistiques, notamment en statistiques bayésiennes et concepts de programmation et logiciel R sont également demandées.

Une connaissance préalable de la diversité de la vigne (ampélographie) serait un plus.

**Votre qualité de vie à INRAE**:
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez:

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activ

  • Analyse Génomique Comparative Des Immunoglobulines

    il y a 1 semaine

    Montpellier, France Université de Montpellier Temps plein

    **Analyse génomique comparative des immunoglobulines chez les primates // Comparative genomic analysis of immunoglobulins in primates**: - Réf **ABG-122698** **ADUM-54674** - Sujet de Thèse- 11/04/2024- Contrat doctoral- Université de Montpellier- Lieu de travail- Montpellier CEDEX 5 - France- Intitulé du sujet- Analyse génomique comparative des...

  • Diversité Génomique Et Mémoire Des Centromères

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France Université de Montpellier Temps plein

    **Diversité génomique et mémoire des centromères chez le sorgho // Genomic diversity and centromere memory in sorghum**: - Réf - **ABG-112708** **ADUM-46727** - Sujet de Thèse- 31/03/2023- Université de Montpellier- Lieu de travail- MONTPELLIER cedex 5 - France- Intitulé du sujet- Diversité génomique et mémoire des centromères chez le sorgho //...

  • Thèses Génomique évolutive Des Chromosomes

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 22 mars 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Thèses génomique évolutive des chromosomes sexuels (H/F)** Référence : UMR5175-THOLEN-004 Nombre de Postes : 2 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : vendredi...

  • Ingénieur de recherche

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Ingénieur de recherche (IR) en biochimie et biologie structurale (H/F) Référence : UMR5048-FLOLEP-090 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 14 mai 2024 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat : 6 mois Date d'embauche prévue : 1...

  • Ingénieur de recherche

    il y a 2 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Ingénieur de recherche (IR) en biochimie et biologie structurale (H/F) Référence : UMR5048-FLOLEP-090 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mardi 14 mai 2024 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat : 6 mois Date d'embauche prévue : 1...

  • Création d’un index distribué pour les données génomiques

    il y a 3 semaines

    Montpellier, France INRIA Temps plein

    Contexte et atouts du poste Ce poste est proposé dans le cadre du projet OmicFinder, dont l'objectif est de créer un moteur de recherche pour indexer et interroger des séquences dans un grand nombre de bases de données génomiques. Les données génomiques permettent des avancées cruciales en médecine, en écologie, en agronomie et en...

  • Création d’un index distribué pour les données génomiques

    il y a 2 semaines

    Montpellier, France INRIA Temps plein

    Contexte et atouts du poste Ce poste est proposé dans le cadre du projet OmicFinder, dont l'objectif est de créer un moteur de recherche pour indexer et interroger des séquences dans un grand nombre de bases de données génomiques. Les données génomiques permettent des avancées cruciales en médecine, en écologie, en agronomie et en...

  • Profilage Intégratif de Virus Par Analyse

    il y a 1 semaine

    Montpellier, France Université de Montpellier Temps plein

    **Profilage intégratif de virus par analyse mutationnelle de génome entier // Integrative Profiling of Virus by Genome-Wide Mutational Scanning**: - Réf **ABG-122707** **ADUM-56169** - Sujet de Thèse- 11/04/2024- Contrat doctoral- Université de Montpellier- Lieu de travail- MONTPELLIER Cedex - France- Intitulé du sujet- Profilage intégratif de virus...

  • Post-doc Instabilité Génomique Des Cellules

    il y a 2 jours

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 16 février 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Post-doc instabilité génomique des cellules souches embryonnaires (H/F).** Référence : UMR9002-CELPRO-014 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de...

  • Post Doctorat en génomique des populations

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France IRD Temps plein

    Génomes complets à faible couverture - Histoire démographique – associations génome/environnement La structure que vous allez rejoindre Vous serez affecté au Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (), à Montpellier. Le CBGP est composé de 86 agents permanents d'INRAE, de l'IRD, du Cirad et de l'Institut Agro Montpellier. Les...

  • Post Doctorat en génomique des populations

    il y a 2 semaines

    Montpellier, France IRD Temps plein

    Génomes complets à faible couverture - Histoire démographique – associations génome/environnement La structure que vous allez rejoindre Vous serez affecté au Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (), à Montpellier. Le CBGP est composé de 86 agents permanents d'INRAE, de l'IRD, du Cirad et de l'Institut Agro Montpellier. Les...

  • Thèse de Doctorat

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : mardi 22 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Thèse de Doctorat (H/F) Génomique des populations des fourmis moissonneuses hybridogénétiques du genre Messor** Référence : UMR5554-JONROM-008 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail :...

  • Chargé-e de Recherche en écologie Fonctionnelle

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France INRAE Temps plein

    **RÉFÉRENCE DE L'OFFRE**: - **N° profil : CR-2023-SPE-4**: - Corps : CRCN - Catégorie : A - Numéro du concours : 31 **LE CENTRE** - Occitanie-Montpellier*** Diversité, Génomes et Interactions Microorganismes-Insectes - 34000 MONTPELLIER *** **CONTACT**: **ANNE-SOPHIE GOSSELIN-GRENET** 04 67 14 41 17 **VENIR EN FRANCE** - Notre guide des...

  • Chargé-e de Recherche en éco-immunologie Des

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France INRAE Temps plein

    34095 MONTPELLIER _ **RETOUR À LA LISTE DES POSTES DE LA CAMPAGNE** **Présentation d'INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la...

  • Responsable en Biologie Moléculaire Et Génomique

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France Qualtech Groupe Temps plein

    **Présentation de la société**: Le Groupe Qualtech à travers la société ADNId est un laboratoire de service en génomique, spécialisé dans le développement et l’utilisation diagnostique de bio-marqueurs génétiques ADN. ADNid est installé sur le Campus International de Baillarguet à Montferrier sur Lez (34) et dispose d’un laboratoire...

  • (H/F) Ingénieur de Recherche en Techniques

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : lundi 31 juillet 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:H/F Ingénieur de Recherche en techniques biologiques - régulation épigénétique et cancer** Référence : UMR9002-GIACAV-010 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication...

  • Structural and Physicochemical Basis of Sorghum

    il y a 2 semaines

    Montpellier, France INRAE-UM-Institut Agro Montpellier UMR 1208 IATE Temps plein

    **Structural and physicochemical basis of sorghum grain proteins digestibility**: - Réf - **ABG-110256** - Stage master 2 / Ingénieur- Durée 6 mois- Salaire net mensuel 600 euros/mois- 16/01/2023- INRAE-UM-Institut Agro Montpellier UMR 1208 IATE- Lieu de travail- Montpellier Occitanie France- Champs scientifiques- Agronomie, agroalimentaire - Biochimie -...

  • Chercheur Post-doctoral en Biophysique

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 4 décembre 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Chercheur post-doctoral en biophysique (H/F)** Référence : UMR5048-FLOLEP-077 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : lundi 13 novembre...

  • Post-doc Stress Réplicatif Et Cancer

    il y a 7 jours

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 8 septembre 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Post-doc stress réplicatif et cancer (H/F)** Référence : UMR9002-DOMMAI-007 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : vendredi 18 août...

  • Alternant - Chargé(E) D'affaires Réglementaires

    il y a 6 jours

    Montpellier, France SeqOne Genomics Temps plein

    SeqOne est une entreprise spécialisée dans le domaine de la génomique et de l'analyse des données génétiques. Fondée en 2017 et basée à Montpellier, en France, SeqOne développe des solutions logicielles pour aider les professionnels de la santé, les chercheurs et les laboratoires à analyser, interpréter et comprendre les données génomiques à...