Stage de Master 2 en Génétique Végétale

_21000 Dijon _-
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- **Présentation INRAE**:

- L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
- **Environnement de travail, missions et activités**:

- Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe Espèces Cibles Protéagineuses (ECP), appartenant à l’Unité de Recherche Mixte (UMR) Agroécologie basée à Dijon. L’équipe ECP conduit des projets de recherche sur l’adaptation des légumineuses à graines aux conduites agroécologiques, en lien avec les besoins de productions durables de protéines pour l'alimentation humaine et animale, ainsi que le développement de systèmes de culture agroécologiques.
- La mobilisation de la diversité génétique des espèces cultivées est un levier déterminant pour fournir des variétés adaptées aux systèmes de production agricole actuels et futurs. Au sein de l’UMR Agroécologie, l’équipe ECP conserve, caractérise et valorise la collection nationale de ressources génétiques de légumineuses à graines (CRB PROTEA). Ce centre de ressources génétiques qui comprend 15000 accessions patrimoniales de pois, féverole, lupin et lentille est le réservoir dans lequel les chercheurs et les sélectionneurs de légumineuses à graines puisent la diversité génétique nécessaire aux programmes de recherche et aux créations variétales innovantes (1,2,3). Cette diversité de variétés ou de géniteurs doit permettre de répondre (i) aux contraintes du changement climatique et des multiples stress biotiques et abiotiques que ces espèces rencontrent dans les nouveaux systèmes de culture à faibles intrants, et (ii) aux attentes de valorisation pour une diversité d’usages alimentaires.
- L’objectif général de votre stage sera de caractériser la diversité génétique présente dans la collection de pois du CRB PROTEA pour améliorer sa gestion et son utilisation. En 2024, la caractérisation de la diversité génétique moléculaire de cette collection a été réalisée à l’aide d’une puce de génotypage multi-espèces et à haut-débit. L’objectif du stage est (i) d’évaluer la diversité génétique présente dans la collection patrimoniale de pois, pour évaluer la richesse de la collection et sa représentativité et contribuer à sa curation ; (ii) de relier les données génotypiques produites à la variabilité des phénotypes mesurés pour identifier les régions du génome impliquées.
- Vous serez plus particulièrement en charge de:

- Analyser les données de génotypage pour décrire la diversité moléculaire de la collection, et constituer des core-collections ;
- Rassembler les données de phénotypage et analyser la diversité phénotypique mesurée lors des mises en culture des accessions de la collection. Tous les ans, 15 à 30 descripteurs phénotypiques sont mesurés sur environ un douzième de la collection, de sorte que toutes les accessions soient régénérées et caractérisées au moins une fois dans un cycle de 12 ans. Il faudra rassembler des données éparses, les vérifier et les standardiser ;
- Identifier les génotypes très proches sur des bases génétiques et vérifier sur la base des phénotypes mesurés la pertinence de leur conservation ;
- Relier la diversité moléculaire à la diversité phénotypique par une approche d’association pangénomique (Genome-Wide Association study, GWAS).
**Le stage proposé consiste pour une grande part à l’analyse de données déjà disponibles. Lors du stage, vous serez aussi amené.e à participer à une saison de phénotypage en serre pour vous familiariser avec la diversité de la collection et les notations réalisées.***Formations et compétences recherchées**:

-**Master/Ingénieur (Bac+5)**-
- **Formation recommandée** : Master 2 en génétique et amélioration des plantes.
- **Connaissances souhaitées** : génétique, biologie végétale, statistiques, bases en génomique.
- **Expérience appréciée** en veille bibliographique et en rédaction de rapports.
- **Aptitudes recherchées** : bon sens de l’organisation, rigueur, aptitude à communiquer, aptitude à travailler en équipe, capacité à analyser des données.
- **Votre qualité de vie à INRAE**:

- En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée):

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle
- d'un accompagnement social et prestations : conseil et écoute, aides et prêts sociaux, CESU etc...
- de prestations vacances, loisirs, d'activit