Doctorant(e) en microbiologie

L’Institut national d’enseignement supérieur pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (Institut Agro) a un statut d’EPSCP Grand Etablissement (Etablissement Public à caractère Scientifique, Culturel et Professionnel). Il regroupe 1 380 agents et 4 900 étudiants.

L’Institut Agro est structuré en trois écoles : Institut Agro Dijon, Institut Agro Montpellier et Institut Agro Rennes-Angers.  

Le poste se situe au sein de l’école Institut Agro Dijon, établissement public d’enseignement et de recherche dans les domaines de l’agronomie et de l’agroalimentaire, sous la double tutelle du Ministère de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire et du Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche. Il forme des ingénieurs dans ces deux domaines et porte des Masters co-accrédités avec l’Université. Il développe ses travaux de recherche au sein d’Unités Mixtes de Recherche. Il contribue à l’appui au système éducatif de l’enseignement technique agricole. 

Pour aller plus loin :

https://institut-agro.fr

https://institut-agro-dijon.fr

L’Unité Mixte de Recherche « Procédés Alimentaires et Microbiologiques » (UMR PAM), constituée depuis le 1er janvier 2012, est placée sous la gestion conjointe l'Institut Agro, l’Université Bourgogne Europe et INRAE. Elle est dirigée par le Professeur Thomas KARBOWIAK. Elle est installée sur 5 sites géographiques : Institut Agro Dijon, l’IUVV, l’INRAE, la Faculté de Pharmacie et le bâtiment B3.

L’UMR PAM est un acteur majeur du progrès scientifique et technologique dans le domaine des aliments et du vin. L’UMR PAM regroupe trois équipes complémentaires (Physico-Chimie, Microbiologie des aliments et du vin, Génie des procédés) qui permettent une recherche pluridisciplinaire sur les aliments et le vin. Elle est composée d’environ 150 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs et techniciens, doctorants, …) 

Pour en savoir plus :

https://umr-pam.fr/

Votre mission :

• Oenococcus oeni garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de cette bactérie est directement impactée par la hausse du degré alcoolique des vins en lien avec le réchauffement climatique. Ce projet veut répondre aux enjeux de durabilité et d'adaptation des filières agroalimentairesface au changement climatique en sécurisant un procédé de transformation clé pour la filière vitivinicole française par l’apport de connaissances sur les mécanismes de tolérance de O. oeni à l’éthanol. Pour cela une expérience d’évolution adaptative est expérimentée afin de forcer la tolérance de O. oeni à l’éthanol et comprendre les mécanismes moléculaires de l’acquisition de cette tolérance.

• Quatre souches, issues des quatre phylogroupes de l’espèce (A, B, C et D),sont propagées depuis mars 2024 dans un milieu modèle progressivement enrichi en éthanol. Les modifications génétiques acquises par les populations évoluées seront identifiées. L’hypothèse étant que les mutations fixées rendent compte de modifications structurales et/ou métaboliques essentielles permettant une meilleure tolérance de O. oeni à l’éthanol. Les données de génomique comparative permettront d’orienter la caractérisation phénotypique des populations évoluées portant des mutations fixées qui donnent lieu à la perte ou au gain de fonctionnalités cellulaires. La mesure de la vitesse de conversion du malate en lactate permettra d’estimer l’efficacité fermentaire des populations évoluées en comparaison à la souche ancestrale en vin à haut degré alcoolique (13 à 15%, v/v). L’analyse global du profil métabolique en condition œnologique permettra également de mettre en évidence une possible réorientation des flux permettant à la cellule de faire face au stress éthanol tout en maintenant l’homéostasie cellulaire. L’analyse métabolomique non ciblée parspectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) sera utilisée pour générer une empreinte chimique complète et suivre l’évolution de la composition intracellulaire. Les marqueurs associés à une meilleure tolérance à l’éthanol seront ainsi identifiés par comparaison des profils métaboliques. La membrane cytoplasmique étant une des premières barrières de la cellule avec son environnement, sa composition lipidique sera particulièrement considérée. Les gènes clés impliqués dans l’acquisition de la tolérance à l’éthanol pourront ainsi être identifiés. Du fait du manque d’outil génétique disponible pour O. oeni, la fonction de ces gènes sera déterminée par expression hétérologue chez Lactiplantibacillus plantarum, une bactérie lactique phylogénétiquement proche de O. oeni. Pour cela l’outil CRIPSP Cas9 sera mis en œuvre en s’appuyant sur les vecteurs développés par l’équipe de Geir Mathiesen et déjà mis en œuvre par la candidate lors de son stage Master 213...

Agent contractuel de catégorie A

CDD de 36 mois  à pourvoir à compter du 01/10/2026

Temps de travail 100%

Salaire mensuel brut :  2 300 €

Vos missions:

• BLOC 1 (oct26-mars27) : Comparaison génomique des populations évoluées versus souches ancestrales afin de localiser les mutations fixées conférant une meilleure tolérance des populations à l’éthanol (Didier Hocquet, Chrono-environnement).

• BLOC 2 (mai27-nov28) : Performance fermentaire et métabolome post-évolution. 

• BLOC 3 (janv27-juil27) : Analyse de la composition lipidique membranaire.

• BLOC 4 (mai27-nov29) : Caractérisation des gènes impliqués dans l’acquisition de la tolérance.

Savoirs :

• Bonnes connaissances théoriques en microbiologie, biochimie et biologie moléculaire ainsi qu’en analyse du transcriptome et interprétation des flux métaboliques.

Savoir-faire :

• Bonne maitrise pratique dans les domaines de la microbiologie et de la biologie moléculaire.

Champ relationnel du poste
Cette mission scientifique sera réalisée en partenariat avec l’UMR SayFood (AgroParisTech INRAE), l’UMR Chronoenvironnement et la plateforme de recherche régionale FROMEX rattachée à l’UMR PAM. L’encadrement sera assuré par Cosette Grandvalet (UMR PAM) .

Dépôt des candidatures par messagerie uniquement à :

recrutement@agrosupdijon.fr

- CV nommé : NOM_Prénom_CV

- lettre de motivation nommée : NOM_Prénom_LM

 IMPORTANT : noter la référence du poste CSP 2026-2398872 sur votre lettre de motivation