Doctorant(e) en microbiologie
Enregistrez cette offre et organisez votre recherche
Créez un compte gratuit pour enregistrer des offres d'emploi, créer des alertes et revenir à cette liste depuis votre tableau de bord.
Vos missions en quelques mots
Votre mission :
Ce projet s’intéresse à l’adaptation de Oenococcus oeni aux changements de son environnement dans un contexte de réchauffement climatique. Cette bactérie lactique garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de O. oeni est directement impactée par la hausse des températures qui accélère la maturité des raisins, ce qui augmente le taux de sucre des moûts et le degré alcoolique des vins. Ce projet veut répondre aux enjeux de durabilité et d'adaptation des filières agroalimentaires face au changement climatique en sécurisant un procédé de transformation clé pour la filière vitivinicole française par l’apport de connaissances et de ferments « climato-résilients ». L’objectif est d’identifier les mécanismes moléculaires en lien avec la tolérance de O. oeni à la présence d’éthanol. Pour cela une expérience d’évolution adaptative sera mise en œuvre afin de forcer la tolérance de cette bactérie lactique à l’éthanol et de comprendre les mécanismes moléculaires de l’acquisition de cette tolérance. L’hypothèse étant que les mutations fixées rendent compte de modifications structurales et/ou métaboliques essentielles permettant une meilleure tolérance de O. oeni à l’éthanol. Les données de génomique comparative permettront d’orienter la caractérisation phénotypique des populations évoluées. L’analyse global du profil métabolique en condition œnologique permettra également de mettre en évidence une possible réorientation des flux permettant à la cellule de faire face au stress éthanol tout en maintenant l’homéostasie cellulaire. La membrane cytoplasmique étant une des premières barrières de la cellule avec son environnement, la composition lipidique membranaire sera particulièrement considérée.
Profil recherché
Agent contractuel de catégorie A
CDD de 36 mois à pourvoir à compter du 01/10/2026
Temps de travail 100%
Salaire mensuel brut : 2 300 €
Vos missions:
BLOC 1 : Comparaison génomique des populations évoluées versus souches ancestrales afin de localiser les mutations fixées conférant une meilleure tolérance des populations à l’éthanol (Didier Hocquet, Chrono-environnement).
BLOC 2 : Performance fermentaire et métabolome post-évolution.
BLOC 3 : Métabolome post-évolution. La comparaison de l’empreinte métabolique (endo & exo-métabolome) en fin de FML entre les fermentations conduites par les populations évoluées et les souches ancestrales permettra de déterminer l’impact du procédé d’évolution sur le profil des métabolites du vin et la réorientation des flux (analyse par ultra haute résolution masse spectrométrie, collaboration Philippe Schmitt-Kopplin, TUM, Allemagne).
- BLOC 4 : Analyse de la composition lipidique membranaire (collaboration Florence Dubois-Brissonnet, SayFood, AgroParis Tech, INRAé).
- BLOC 5 : Transcriptomique. Une analyse transcriptomique sera mise en œuvre pour rendre compte de l’impact des mutations acquises au cours l’évolution sur l’expression globale du génome (collaboration Ramon Gonzales & Maria de Toro Hernando, ICVV, Espagne
Savoirs :
- Bonnes connaissances théoriques en microbiologie, biochimie et biologie moléculaire ainsi qu’en analyse du transcriptome et interprétation des flux métaboliques.
Savoir-faire :
Bonne maitrise pratique dans les domaines de la microbiologie et de la biologie moléculaire.
Champ relationnel du poste
Cette mission scientifique sera réalisée en partenariat avec l’UMR SayFood (AgroParisTech INRAE) et la plateforme de recherche régionale FROMEX rattachée à l’UMR PAM. L’encadrement sera assuré par Cosette Grandvalet (UMR PAM) et Chloé Roullier Gall (UMR PAM) en collaboration avec Florence Dubois-Brissonnet (UMR SayFood) et Noëmie Pascault (FROMEX).
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
Localisation
- Flèche gauche : déplacer la carte vers la gauche
- Flèche droite : déplacer la carte vers la droite
- Flèche bas : déplacer la carte vers le bas
- Flèche haut : déplacer la carte vers le haut
Éléments de candidature
Documents à transmettre
-
Doctorant(e) en microbiologie
Il y a 6 jours
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 2 300 € CDDVos missions en quelques mots Votre mission :Oenococcus oeni garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de cette bactérie est directement impactée par la hausse du degré alcoolique des vins en lien avec le réchauffement climatique....
-
Doctorant(e) en microbiologie
Il y a 1 semaine
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Choisir le Service Public Temps plein 2 300 € CDDInformations générales Organisme de rattachement Institut Agro Référence 2026-2398872 Date de début de diffusion ...
-
Doctorant(e) en biochimie et électrochimie
Il y a 1 jour
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 2 300 € CDDVos missions en quelques mots Votre mission :Identifier et caractériser des glutathion transférases capables d’interagir avec l’aflatoxine B1 et l’arsenic. Étudier les relations entre la structure, l’activité catalytique et la spécificité de ces enzymes. Évaluer le fonctionnement des enzymes dans des matrices alimentaires et...
-
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 2 300 € CDDVos missions en quelques mots Le/la doctorant.e sera inscrit.e à l’Institut Agro Dijon, mais effectuera ses recherches dans l’UMR Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA), dans les équipes Culture, Expertise, Perception (CEP) et « Flavour, Food Oral Processing, & Perception » (FFOPP)Votre mission :Le/la doctorant.e...
-
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Institut Agro Temps plein 23 000 € - 28 000 € ContratLe/la doctorant.e sera inscrit.e à l’Institut Agro Dijon, mais effectuera ses recherches dans l’UMR Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA) , dans les équipes Culture, Expertise, Perception (CEP) et «Flavour, Food Oral Processing, & Perception» (FFOPP) Votre mission: Le/la doctorant.e étudiera le rôle de la transformation...
-
Doctorant(e) en microbiologie
Il y a 2 semaines
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Institut Agro Temps plein 23 000 € - 28 000 € ContratVotre mission: Oenococcus oeni garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de cette bactérie est directement impactée par la hausse du degré alcoolique des vins en lien avec le réchauffement climatique. Ce projet veut répondre aux enjeux...
-
Doctorant(e) Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation
Il y a 1 semaine
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Choisir le Service Public Temps plein 2 300 € CDDInformations générales Organisme de rattachement Institut Agro Référence 2026-2402385 Date de début de diffusion ...
-
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 3 634 € CDDVos missions en quelques mots Votre mission :Renforcer les compétences de l’UMR PAM dans le domaine des capteurs électrochimiques et de la surveillance des contaminants émergents.Favoriser le transfert de compétences en électrochimie, nanomatériaux fonctionnalisés et chimie verte au sein de l’équipe.Produire et valoriser des résultats...
-
Ingénieur-e de plateforme en microbiologie
Il y a 2 semaines
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Choisir le Service Public Temps pleinInformations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE) Référence ...
-
Doctorant Microbiologie: Tolérance à l’éthanol en vin
Il y a 2 semaines
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Institut Agro Temps plein 23 000 € - 28 000 € ContratInstitut Agro Dijon recherche un agent contractuel de catégorie A pour un CDD de 36 mois à compter du 01/10/2026, temps plein. Le poste porte sur l’étude de tolérance à l’éthanol chez Oenococcus oeni et l’optimisation de la fermentation dans des conditions œnologiques.Vous contribuerez à des analyses génomiques et métabolomiques, avec des...
