Doctorant(e) en microbiologie
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Vos missions en quelques mots
Votre mission :
Oenococcus oeni garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de cette bactérie est directement impactée par la hausse du degré alcoolique des vins en lien avec le réchauffement climatique. Ce projet veut répondre aux enjeux de durabilité et d'adaptation des filières agroalimentairesface au changement climatique en sécurisant un procédé de transformation clé pour la filière vitivinicole française par l’apport de connaissances sur les mécanismes de tolérance de O. oeni à l’éthanol. Pour cela une expérience d’évolution adaptative est expérimentée afin de forcer la tolérance de O. oeni à l’éthanol et comprendre les mécanismes moléculaires de l’acquisition de cette tolérance.
- Quatre souches, issues des quatre phylogroupes de l’espèce (A, B, C et D),sont propagées depuis mars 2024 dans un milieu modèle progressivement enrichi en éthanol. Les modifications génétiques acquises par les populations évoluées seront identifiées. L’hypothèse étant que les mutations fixées rendent compte de modifications structurales et/ou métaboliques essentielles permettant une meilleure tolérance de O. oeni à l’éthanol. Les données de génomique comparative permettront d’orienter la caractérisation phénotypique des populations évoluées portant des mutations fixées qui donnent lieu à la perte ou au gain de fonctionnalités cellulaires. La mesure de la vitesse de conversion du malate en lactate permettra d’estimer l’efficacité fermentaire des populations évoluées en comparaison à la souche ancestrale en vin à haut degré alcoolique (13 à 15%, v/v). L’analyse global du profil métabolique en condition œnologique permettra également de mettre en évidence une possible réorientation des flux permettant à la cellule de faire face au stress éthanol tout en maintenant l’homéostasie cellulaire. L’analyse métabolomique non ciblée parspectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) sera utilisée pour générer une empreinte chimique complète et suivre l’évolution de la composition intracellulaire. Les marqueurs associés à une meilleure tolérance à l’éthanol seront ainsi identifiés par comparaison des profils métaboliques. La membrane cytoplasmique étant une des premières barrières de la cellule avec son environnement, sa composition lipidique sera particulièrement considérée. Les gènes clés impliqués dans l’acquisition de la tolérance à l’éthanol pourront ainsi être identifiés. Du fait du manque d’outil génétique disponible pour O. oeni, la fonction de ces gènes sera déterminée par expression hétérologue chez Lactiplantibacillus plantarum, une bactérie lactique phylogénétiquement proche de O. oeni. Pour cela l’outil CRIPSP Cas9 sera mis en œuvre en s’appuyant sur les vecteurs développés par l’équipe de Geir Mathiesen et déjà mis en œuvre par la candidate lors de son stage Master 213...
Profil recherché
Agent contractuel de catégorie A
CDD de 36 mois à pourvoir à compter du 01/10/2026
Temps de travail 100%
Salaire mensuel brut : 2 300 €
Vos missions:
BLOC 1 (oct26-mars27) : Comparaison génomique des populations évoluées versus souches ancestrales afin de localiser les mutations fixées conférant une meilleure tolérance des populations à l’éthanol (Didier Hocquet, Chrono-environnement).
BLOC 2 (mai27-nov28) : Performance fermentaire et métabolome post-évolution.
BLOC 3 (janv27-juil27) : Analyse de la composition lipidique membranaire.
- BLOC 4 (mai27-nov29) : Caractérisation des gènes impliqués dans l’acquisition de la tolérance.
Savoirs :
- Bonnes connaissances théoriques en microbiologie, biochimie et biologie moléculaire ainsi qu’en analyse du transcriptome et interprétation des flux métaboliques.
Savoir-faire :
Bonne maitrise pratique dans les domaines de la microbiologie et de la biologie moléculaire.
Champ relationnel du poste
Cette mission scientifique sera réalisée en partenariat avec l’UMR SayFood (AgroParisTech INRAE), l’UMR Chronoenvironnement et la plateforme de recherche régionale FROMEX rattachée à l’UMR PAM. L’encadrement sera assuré par Cosette Grandvalet (UMR PAM) .
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
Localisation
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Éléments de candidature
Documents à transmettre
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Doctorant(e) en microbiologie
Il y a 6 heures
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 2 300 € CDDVos missions en quelques mots Votre mission :Ce projet s’intéresse à l’adaptation de Oenococcus oeni aux changements de son environnement dans un contexte de réchauffement climatique. Cette bactérie lactique garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins....
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Doctorant(e) en microbiologie
Il y a 3 jours
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Choisir le Service Public Temps plein 2 300 € CDDInformations générales Organisme de rattachement Institut Agro Référence 2026-2398872 Date de début de diffusion ...
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Doctorant(e) en microbiologie
Il y a 6 jours
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Institut Agro Temps plein 23 000 € - 28 000 € ContratVotre mission: Oenococcus oeni garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de cette bactérie est directement impactée par la hausse du degré alcoolique des vins en lien avec le réchauffement climatique. Ce projet veut répondre aux enjeux...
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Doctorant(e) en biochimie et électrochimie
Il y a 6 heures
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 2 300 € CDDVos missions en quelques mots Votre mission :Identifier et caractériser des glutathion transférases capables d’interagir avec l’aflatoxine B1 et l’arsenic. Étudier les relations entre la structure, l’activité catalytique et la spécificité de ces enzymes. Évaluer le fonctionnement des enzymes dans des matrices alimentaires et...
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Doctorant(e) Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation
Il y a 5 heures
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 2 300 € CDDVos missions en quelques mots Le/la doctorant.e sera inscrit.e à l’Institut Agro Dijon, mais effectuera ses recherches dans l’UMR Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA), dans les équipes Culture, Expertise, Perception (CEP) et « Flavour, Food Oral Processing, & Perception » (FFOPP)Votre mission :Le/la doctorant.e...
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Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Choisir le Service Public Temps plein 2 300 € CDDInformations générales Organisme de rattachement Institut Agro Référence 2026-2402385 Date de début de diffusion ...
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Ingénieur-e de plateforme en microbiologie
Il y a 6 jours
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Choisir le Service Public Temps pleinInformations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE) Référence ...
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Doctorant Microbiologie: Tolérance à l’éthanol en vin
Il y a 6 jours
Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Institut Agro Temps plein 23 000 € - 28 000 € ContratInstitut Agro Dijon recherche un agent contractuel de catégorie A pour un CDD de 36 mois à compter du 01/10/2026, temps plein. Le poste porte sur l’étude de tolérance à l’éthanol chez Oenococcus oeni et l’optimisation de la fermentation dans des conditions œnologiques.Vous contribuerez à des analyses génomiques et métabolomiques, avec des...
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Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Institut Agro Temps plein 23 000 € - 28 000 € ContratLe/la doctorant.e sera inscrit.e à l’Institut Agro Dijon, mais effectuera ses recherches dans l’UMR Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA) , dans les équipes Culture, Expertise, Perception (CEP) et «Flavour, Food Oral Processing, & Perception» (FFOPP) Votre mission: Le/la doctorant.e étudiera le rôle de la transformation...
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Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, France Logo Institut Agro Télétravail Temps plein 3 634 € CDDVos missions en quelques mots Votre mission :Renforcer les compétences de l’UMR PAM dans le domaine des capteurs électrochimiques et de la surveillance des contaminants émergents.Favoriser le transfert de compétences en électrochimie, nanomatériaux fonctionnalisés et chimie verte au sein de l’équipe.Produire et valoriser des résultats...
